Hasta la revolución de 1789, la iglesia católica tenía el monopolio de educación en Francia. Las universidades del mundo occidental son fundaciones eclesiásticas que tienen su origen en la Edad Media. Antes de 1789, a nadie se le ocurrió cuestionar el monopolio de la educación de la iglesia.

Pero, ya a partir del siglo XVII, podemos observar las primeras fisuras en la estructura educativa de la iglesia. Grandes filósofos y científicos, como René Déscartes o Isaac Newton, revolucionan el conocimiento humano, pero las universidades ignoran sus aportaciones. La iglesia rechaza a la filosofía y ciencia moderna, y persigue a intelectuales, en cuyas casas encuentra la inquisición libros de Descartes, Newton o pensadores ilustrados del siglo XVIII. Los enciclopedistas franceses, como Diderot, Voltaire, y Rosseau, forman la vanguardia de la cultura europea de su época, pero sus doctrinas no son enseñadas en las aulas universitarias. Cuando no es posible ignorarlas completamente, las ideas modernas son mencionadas y rechazadas como algo infame y diabólico. A veces las universidades se tomaban las molestias de refutar estas ideas subversivas, sin embargo, no permitían a un estudiante leer los textos originales de estos pensadores disidentes; pero lo prohibido siempre encuentra lectores, y así los jóvenes, ansiosos de verdaderos conocimientos, estudiaban la filosofía y ciencia modernas en sus casas, porque las enseñanzas caducas de la universidad no tenían atractivo para ellos.

Después de la revolución francesa podemos observar una modernización sistemática de la enseñanza universitaria. Para la iglesia surge la amenaza de la educación laica. Ya no es posible negar la cosmovisión de Giordano Bruno, Galileo o Copernico, y se tiene que reconocer que la química moderna es superior a la alquimia medieval, y que la física de Newton superó la medieval.

En Francia, durante la revolución, el clero sufre severas persecuciones, y cuando en 1804 el papa Pío VII quiere colocar la corona imperial en la cabeza de Napoleón I, éste se la quita de la mano para coronarse a sí mismo; eso significa que ya no es la iglesia quien corona a los monarcas. La presencia de la iglesia se reduce en los ámbitos públicos, y por lo tanto en la enseñanza. Durante el siglo XIX, la iglesia francesa recupera parte de su poder perdido para luego volver a perderlo. En los libros de historia francesa, el año 1905 es una fecha clave, porque en este año se realiza una separación radical entre iglesia y estado. Eso significa que una república laica organiza toda la enseñanza. No se prohíben los colegios privados de curas y monjas, pero el gobierno decide los programas de estudios y controla los exámenes. La educación pública que proporciona el gobierno, en forma gratuita, se dirige a todos los franceses. La iglesia no tiene participación en ninguna de las universidades y escuelas de altos estudios, en las que se formaba la elite. De esta manera, la vida católica se limita a la vida privada. Todo eso no impide que ciertas tradiciones religiosas se sigan conservando. Algunas fiestas católicas, entre ellas el 15 de agosto, día de la Virgen de Asunción, son día de descanso obligatorio. Los alumnos franceses siguen admirando a Juana de Arco, como una heroína. Pero de todas maneras, el golpe que la revolución de 1789 y la ley de 1904 asestaron a la iglesia fue bastante fuerte. No hay que olvidar que la reforma protestante de Lutero y Calvino, a diferencia de otros países del norte de Europa, no prosperó, y tal vez por eso para el Vaticano, Francia sigue siendo "la fille aînée" de la iglesia, es decir, la hija mayor o predilecta.
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Mientras, en Francia se lleva a cabo una estricta separación de iglesia y estado, en Alemania el gobierno trata de ejercer un mayor control sobre la iglesia. En 1873, el canciller Otto von Bismarck restringió los derechos de la iglesia católica. El protestante Bismarck no era anticlerical, sino un típico representante de una Prusia evangélica, que veía con desconfianza la influencia del Vaticano en la política alemana. Obligó a los futuros sacerdotes a formarse en universidades del gobierno, y no en seminarios de la iglesia, y sometió la enseñanza religiosa al control del gobierno. El bautismo dejó de ser obligatorio, y el matrimonio religioso no tenía validez sin el civil. En 1879, Bismarck dejó de luchar contra la iglesia católica y le hizo ciertas concesiones, pero no abolió el matrimonio civil obligatorio, y siguió controlando la educación religiosa. Hoy día, en Alemania, el estado y las dos grandes iglesias cristianas tienen estrechas relaciones. Los sacerdotes reciben un sueldo del gobierno y participan en actividades políticas. El partido conservador, el más influyente del país, se llama cristianodemócrata, y defiende los intereses de católicos y protestantes. En las escuelas públicas se imparten clases de religión y frecuentemente se reza. A veces resulta difícil establecer un equilibrio entre católicos y protestantes. Las iglesias se dedican a obras sociales con dinero del gobierno. Monjas y curas pueden administrar hospitales y colegios, si muestran su calificación profesional por medio de exámenes estatales. Se podría decir que las iglesias son parte del gobierno. En realidad, junto con los sindicatos, las dos grandes iglesias son los organismos de más peso político en el país. En una campaña electoral reciente, el Partido Verde exigió al gobierno de Baviera ya no pagar tan altos sueldos a los obispos del estado, pero no insistió mucho, para no ser calificado de anticristiano.

También en otros países europeos, como España, la iglesia católica recibe fuertes subsidios oficiales. En realidad, en Europa, sólo Francia y los antiguos países comunistas implantaron una separación estricta entre estado e iglesia.