Esta labor correspondía a los bibliotecarios, que debían ocuparse de ellas antes de dejar los libros en manos de los lectores. Por ejemplo, en la edición de 1632 (pág.63) se indica que en el Dioscórides de Andrés Laguna, un libro de Materia Medica, debe tacharse la frase «siembranse con maldiciones las Albahacas, y según Plinio, crecen muy viciosas con ellas (sic)» («viciosas» alude aquí a vigorosas). En la misma página se explica que frases como la anterior deben borrarse por encontrarse en lengua vulgar, accesible pues al vulgo, pero que no lo necesitarían si estuvieran en latín o griego. Los autores contemporáneos a la decisión censora podían elegir omitir ellos mismos en sucesivas ediciones los párrafos censurados. Así Cervantes tuvo que suprimir del Quijote (2ª parte, capítulo 36) la frase «…las obras de caridad que se hacen tibia y flojamente no tienen mérito ni valen nada.» El Index fomentaba así la autocensura por los propios autores.